Les protestants français installés à Nice après le rattachement de 1860, dits de seconde génération, ou nés outre-Var, selon la terminologie de l’époque, sont de plus en plus nombreux. Ils souhaitent se séparer de l’Église vaudoise de Nice qui dépend de la Table vaudoise en Italie et créer une Église réformée française. En 1899, quelques protestants entrent dans une phase nettement offensive et mettent en œuvre une stratégie afin de se débarrasser du pasteur vaudois Auguste Malan (Augusto Giovanni Malan). Ils fondent le Comité Protestant Français (CPF). Les difficultés s’accumulent et se conjuguent avec la situation particulière du Comté de Nice en voie de francisation et la situation politique et religieuse propre à la France. Le CPF est confronté aux divisions internes au protestantisme. Depuis le synode national de 1872, il existe deux unions d’Églises protestantes en France : l’une de tendance évangélique, l’autre de tendance libérale. L’État se désengage des accords pris lors du Concordat. Climat politique et idéologie alimentent les débats. En 1902, en dépit des difficultés, les membres du Comité Protestant Français inaugurent leur Église réformée de France, obtiennent un poste de pasteur et, par une singulière opération financière avec l’État, parviennent à verser un salaire à leurs pasteurs.