Guizot est très attaché au protestantisme. Sur la scène intellectuelle, il en est un apologète. Trois exemples le montrent : sa biographie de Calvin en 1822, son Discours sur l’histoire de la révolution d’Angleterre en 1850, et l’attitude qu’il conseille à ses coreligionnaires d’adopter en face de l’Église catholique. Il agit aussi dans la vie de l’Église réformée. Favorable à la tendance évangélique, il la soutient de son mieux, intervenant en particulier pour obtenir la convocation officielle d’un synode général, qui se tient en 1872 et auquel il prend une part active.