Les protestants genevois se divisent lors de crises successives occupant tout le xix^e siècle, à propos tant des croyances que de l’organisation institutionnelle, du rôle du clergé et de la place de l’Eglise dans la société. Cet article analyse chacune des phases de ces fractures – le Réveil, la création des Églises libres et la division entre évangéliques et libéraux – en pointant, dans leur contexte, les enjeux sous-jacents. Les principaux conflits concernent l’héritage de Calvin et de sa dogmatique, ainsi que le choc entre tradition biblique et rationalisme, mais le cœur du problème consiste dans la gestion des droits modernes par le protestantisme lui-même. La démocratie et la liberté religieuse doivent-elles être intégrées à l’ecclésiologie et à la pastorale, c’est-à-dire prendre place au sein même de l’Église ? En résulte une vision de la communauté protestante comme englobante, combattue par les tenants du modèle confessant. Cette fracture contribue à mener le canton de Genève vers la séparation des Églises et de l’État en 1907.