Guizot ist eng mit dem Protestantismus verbunden und verteidigt ihn auf der intellektuellen Bühne. Dies zeigen drei Beispiele: Seine Calvin-Biographie von 1822, seine Rede über die Geschichte der Revolution in England von 1850 und der Rat, den er seinen Glaubensgeschwistern gibt, mit welcher Haltung sie der Katholischen Kirche gegenüber treten sollen. Guizot wirkt auch im Leben der Reformierten Kirche. Er unterstützt dort so gut er kann die orthodox-evangelische Strömung und setzt sich dafür ein, dass offiziell eine Generalsynode einberufen wird, die schließlich im Sommer 1872 tagt und an der er eine aktive Rolle spielt.